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Por su situación geográfica en la que forma parte de la Provincia “Planicie Costera del Golfo” y por su colindancia con los márgenes de la Laguna Madre, presenta una variedad de hábitat, propiciando una amplia diversidad de especies de plantas y animales.
Los humedales en Reserva Los Ébanos están formados por un sistema de lagunas sobre una extensión de 800 hectáreas que mantienen diversos ambientes acuáticos, siendo uno de los últimos cuerpos de agua dulce que conserva la vegetación nativa de la región.
El área es catalogada como: Humedal Prioritario de México, Área de prioridad de North American Waterfowl Management Plan, Área de Prioridad para Aves Playeras, Área de Prioridad para Aves Acuáticas y Área de Importancia para la Conservación de las Aves, Categoría G-4-C y forma parte del Área de Protección de Flora y Fauna de Laguna Madre y Delta del Río Bravo (Diario Oficial abril 2005).
a vegetación predominante es el mezquital, encontrando algunas áreas con vegetación halófita, vegetación acuática y pastizal inducido. El mezquital se distribuye en terrenos planos, con especies como el mezquite (Prosopis glandulosa) y el ébano (Pithecellobium ebano).
En las áreas inundadas se desarrollan comunidades de plantas acuáticas y semiacuáticas como el tule (Typha domingensis). La Vegetación Halófita es común en los márgenes de la Laguna Madre y en las áreas inundables representada por especies presentes como la salicornia (Salicornia sp.) y alambrillo (Batis maritima).
Como este sistema lagunar forma parte de la ruta migratoria del golfo, sirve para que numerosas aves (playeritos, chorlos, limosas, avocetas y zarapitos), encuentren refugio, descanso y alimento para continuar con su larga migración. Es hábitat invernal de 15 especies de patos como el pato de cabeza roja (Aythya americana), el pato golondrino (Anas acuta) y el pato chalcuán (Anas americana).
Dentro del grupo de los mamíferos, se encuentran especies como el venado cola blanca (Odocoileus virginianus), gato montés (Lynx rufus), pecarí de collar (Pecari tajacu) y el coyote (Canis latrans).
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